L'administration des affaires maritimes exerce plusieurs grandes missions :la formation des personnels civils de la Marine marchande ou des plaisanciers, la sécurité et la sûreté maritime (exclusive dans les eaux territoriales françaises, mais également au-delà dans les zones économiques exclusives avec la Marine Nationale et les navires civils) et le contrôle des navires, le suivi médical, social et sanitaire des gens de mer et leur accueil dans les ports français, l’organisation et la coordination du secours d’urgence pour tous navires ou personnes en détresse en mer dans ses zones de surveillance, en liaison avec les différents moyens, services de secours et autres navires présents ou déployables rapidement sur zone, qu’ils soient militaires ou civils, publics ou privés, français ou non, le pilotage des services déconcentrés agissant sur le littoral et organisés en directions régionales (DRAM) et départementales (DDAM).
Cette administration délivre en outre les titres de formation, (permis plaisance et titres professionnels) et est en charge de l’immatriculation des navires.